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目前，国内现有的一些畜禽粪便发酵技术普遍存在着发酵，远距离运输，集中处理高成本的问题。同时因为发酵工艺落后，占地面积大，发酵过程中因发酵工艺落后造成地下水的污染和因发酵不全产生的气味，使蚊蝇滋生对周围环境产生严重影响。同时发酵生产受气候影响严重，雨雪天无常工作，冬季因低温导致设备无法处理粪便的现象。发酵时间普遍长达1-2个月，耗费工作人员数量多。
菌肥的使用方法：
1. 施用量：一般情况下，每亩土地使用菌肥的量为10-15公斤。
2. 施用时间：菌肥可与基肥一同施用，也可作为追肥使用。一般在种植前2-3周施用，或者在植物生长期间按需追肥。
3. 施用方式：菌肥可直接撒在土壤表面，然后轻轻耕入土中，也可与底肥或追肥混合使用。
需要注意的是，菌肥的保存要避免阳光直射和高温环境，尽量保存在阴凉干燥处。 此外，在施用菌肥时，应避免与农药等化学物质混用，以免发生不良反应。
生物菌肥是一种由生物菌种（如细菌、真菌等）经过发酵或培养后制得的肥料。它通常包含大量的活性微生物，这些微生物能够分解有机物质，提供植物所需的营养元素，并促进植物生长。 生物菌肥具有以下特点：
1. 提供多种养分：生物菌肥中含有丰富的有机质和微量元素，这些养分对植物生长发育至关重要。
2. 促进土壤生物活性：生物菌肥中的活性微生物能够分解有机物质，释放出更多的养分，并促进土壤中其他微生物的繁殖和活动，改善土壤质地和结构。
3. 增强植物力：生物菌肥中的益生菌能够与植物形成共生关系，提高植物的抗病能力，减少病虫害的发生。
4. 环境友好：生物菌肥不含化学合成的肥料成分，对环境污染较小，使用后不会对土壤和水体造成负面影响。
微生物菌肥集生物菌、中草药、矿物质三效合一，从二十余味中草药及海藻中发酵出的多糖类、生物碱类、类、腐殖酸类、海藻素等生物活性成分，为作物补充高能量物质及功能性物质，能够开启并促进植物次生代谢。
菌肥提高果实内在品质，农产品糖度、蛋白质、纤维素、胡萝卜素、钙、锌等营养成分均有大幅提高，表现为果实口感好，脆甜可口，畸果少，耐储运；表观品质提高，果实齐整，个大，果品上色好，表面硬度高，表光好；提前成熟，果实增重增产显著。
本品含有的微量元素能有效调节叶面气孔开闭及水分蒸腾，增强作物抗旱、抗干热风、抗寒及抗低温的能力，对旱作农业具有重要意义。 生物菌能固氮并活化土壤中沉积的磷和钾，提高肥料利用率，调控养分释放，并且在其他元素供应过量时，有抑制供给的特点。 生物菌在植物根系周围形成保护屏障，抑制、和生理害的发生。
